Biliary Tract Microbiota Similarities in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma / Similitudes en la Microbiota de Tracto Biliar en Adenocarcinoma Ductal de Páncreas

Abstract Objective: to analyze microbiota profiles in the biliary tract, of pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) patients and gallstones patients, in order to identify dif ferences, which may contribute to a better understanding of PDAC carcinogenesis. Methods: using microbiota analysis, a total of 25 samples from 14 patients were collected during surgery and compared. Samples were divided into three groups; one GS group (N = 3), and two PDAC groups; PDAC gallbladder group (N = 11) and PDAC brush group (N = 11). Results: upon comparison of bacterial communities' alpha and beta diversity indices and relative abundances by group (anatomic site) and condition (GS vs PDAC), we found no statistically significant results. However, we can highlight the high similarity of the compared parameters among the two different anatomic locations over the biliary tract in PDAC patients. Conclusion: to the best of our knowledge, this is the first study comparing two different anatomic locations over the biliary tract in PDAC patients. Among PDAC groups microbiota along the semi-closed duct system of the biliary tract showed substantial similarity, reflected in the alpha and beta diversity indices and relative abundances.

Resumen Objetivo: analizar los perfiles de microbiota en el tracto biliar de pacientes con adenocarcinoma ductal pancreático (PDAC) y pacientes con cálculos biliares (GS), con el fin de identificar diferencias, lo que puede contribuir a una mejor comprensión de la carcinogénesis de PDAC. Métodos: mediante análisis de microbiota, se recolectaron durante la cirugía un total de 25 muestras de 14 pacientes y se compararon. Las muestras se dividieron en tres grupos; Grupo GS (N = 3) y dos grupos PDAC; Grupo de vesícula biliar PDAC (N = 11) y grupo de cepillado PDAC (N = 11). Resultados: al comparar los índices de diversidad alfa y beta de las comunidades bacterianas y las abundancias relativas por grupo (sitio anatómico) y condición (GS vs PDAC), no encontramos diferencias estadísticamente significativas. Sin embargo, podemos destacar la gran similitud de los parámetros comparados entre las dos ubicaciones anatómicas diferentes en el tracto biliar en pacientes con PDAC. Conclusión: hasta donde sabemos, este es el primer estudio que compara dos ubicaciones anatómicas diferentes sobre el tracto biliar en pacientes con PDAC. Entre los dos grupos de PDAC, la microbiota del sistema de conductos semicerrados del tracto biliar, se encontró una similitud sustancial, reflejada en los índices de diversidad alfa y beta y en abundancias.

Primer caso confirmado de brucelosis humana por Brucella melitensis, una zoonosis presente en Colombia / First confirmed case of human brucellosis by Brucella melitensis, a zoonosis present in Colombia

Resumen La brucelosis, principal zoonosis a nivel mundial tiene alta prevalencia en varios países de Latinoamérica. Se asocia con la exposición a ganado infectado por distintas especies del género Brucella. B. melitensis la más virulenta para el humano, causa con frecuencia complicaciones de predominio osteoarticular. En Colombia se cree que la infección por B. melitensis es una entidad ausente, a pesar de su plausibilidad biológica en nuestro contexto; sin embargo, son escasos los estudios sobre su ocurrencia y mínimo el índice de sospecha de la enfermedad, por lo cual creemos está subdiagnosticada. Presentamos el primer caso confirmado de brucelosis por B. melitensis en Colombia en una joven embarazada, con diagnóstico incidental, en quien el análisis retrospectivo de su cuadro clínico alertó sobre puntos clave que pueden impactar en el diagnóstico y tratamiento oportuno de la enfermedad. Se plantean preguntas de prevalencia real de esta entidad en Colombia.

Summary Brucellosis, the principal zoonoses globally is highly prevalent in different countries of Latin America. It is associated with the exposition of livestock infected with different Brucella species, being B. melitensis the most virulent for humans, and frequently causing osteoarticular complications. In Colombia it is believed that B. melitensis infection is an absent entity, despite its biological plausibility in our context; however, there are few studies on its occurrence and a minimum index of suspicion of the disease, which is why we believe it is underdiagnosed. We present the first confirmed case of brucellosis by B. melitensis in Colombia diagnosed in a young pregnant patient, with an incidental diagnosis, in whom a retrospective analysis of her clinical outcome warned of key points that may impact on the diagnosis and timely treatment of the disease. We present several questions surrounding the real prevalence of this entity in Colombia.

Screening for intestinal parasites in adults from three different regions of Colombia / Tamizaje de parásitos intestinales en adultos de tres regiones de Colombia

Intestinal parasitosis (IP) is a public health problem in developing countries affecting one fourth of the global population. IP are common studied in children, ne glecting the adults that are also at high risk and source of transmission. A screening study was performed with a convenience sample in three Colombian regions: Guachené (Cauca), Quibdó (Chocó), and Urabá (Antioquia). Feces samples from 284 volunteers (older than 18 years old) were tested by microscopy to identify para site ova and cysts. The IP frequency was 14.5%, and 52.1% were males. 63.2% of the parasitized patients exhibited diarrhea, and/or abdominal pain with significant association. 39.5% had single parasitic infection and 60.5% had multiple parasites: Blastocystis hominis (63.9%), Entamoeba hystolitica/dispar (39.4%), Endolimax nana (33.3%), Ascaris lumbricoides (22.2%), Giardia lamblia (19.4%), Entamoeba coli (13.9%), Trichuris trichiura (11.1%), hookworm species (11.1%), Strongyloides stercolaris (5.6%), and Iodamoeba butschlii (2.8%). A multivariate approach was used to determine predictor factors for IP: male gender, rainwater as drinking sour ce, and feces disposal different to toilet, latrine or septic tank were positively associated with infection. This study evidences that adult population, not only children from vulnerable areas of Colombia, must have to include as a risk for intestinal parasitism.

La parasitosis intestinal (PI) es un problema de salud pública en países en desarrollo que afecta un cuarto de la población mundial. Las PI son comúnmente estudia das en niños, olvidando que los adultos están también en riesgo y a su vez pueden ser fuentes de transmisión. Se realizó un estudio de tamizaje con una muestra escogida por conveniencia en tres regiones de Colombia: Guachené (Cauca), Quibdó (Chocó) y Urabá (Antioquia). Las muestras de materia fecal de 284 voluntarios mayores de 18 años, fueron estudiadas por microscopía para identificar parásitos, huevos y quistes. La frecuencia de las PI fue del 14.5%, 52.1% de los positivos fueron hombres. 63.2% de los individuos parasitados tenían asociación significativa con diarrea, y/o dolor abdominal. 39.5% tuvieron infección por un solo parásito y 60.5% fueron positivos para varios parásitos: Blastocystis hominis (63.9%), Entamoeba hystolitica/dispar (39.4%), Endolimax nana (33.3%), Ascaris lumbricoides (22.2%), Giardia lamblia (19.4%), Entamoeba coli (13.9%), Trichuris trichiura (11.1%), Strongyloides stercolaris (5.6%), y Iodamoeba butschlii (2.8%). Se realizó un aná lisis multivariado para determinar factores predictores para PI: el género masculino, el agua lluvia para consumo, y la disposición de excretas diferente a sanitario, letrina o pozo séptico, están asociados positivamente a la PI. Este estudio evidencia que la población adulta, no solo la infantil, residentes en áreas vulnerables de Colombia, deben incluirse como población de riesgo al parasitismo intestinal.

Presencia de Salmonella spp. en tortugas de río en cautiverio y en libertad en Urabá, Colombia / Presence of Salmonella spp in captivity and wild river turtles in Urabá, Colombia / Presença de Salmonella spp. em tartarugas de rio em cativeiro e em liberdade em Urabá, Colômbia

Resumen La salmonelosis es una enfermedad infecciosa de alta prevalencia a nivel mundial en la cual las tortugas han sido reconocidas como portadores crónicos. Diferentes estudios han reportado la presencia de Salmonella spp. en tortugas de río en diferentes países, sin embargo, ha sido poco reportada en individuos en libertad. El objetivo de este estudio fue determinar la presencia de Salmonella spp. en tortugas de río en cautiverio (n= 55) y en libertad (n= 50) en el Urabá antioqueño (Colombia) entre 2015-2016. Se incluyeron las especies Trachemys venusta, Rhinoclemmys melanosterna y Kinosternon leucostomum. Se tomó la muestra de materia fecal por hisopado cloacal, se cultivó y de las colonias aisladas se realizó extracción de ADN y reacción en cadena de polimerasa (PCR). De la población muestreada (n=105) se encontraron dos individuos positivos a Salmonella spp., ambos en cautiverio, machos, adultos y pertenecientes a la especie R. melanosterna. Los resultados obtenidos no excluyen la posibilidad de infección debido a la intermitencia en la excreción de la bacteria en heces. Esta investigación aporta evidencia a la presencia de la bacteria en las tortugas de la región de estudio y la necesidad de implementar medidas preventivas que disminuyan el contacto con estas especies, y por lo tanto la probabilidad de transmisión de salmonelosis no tifoidea en la población humana de la región.

Abstract Salmonellosis is a high prevalence infectious diseases worldwide and turties have been recognized as chronic carriers. Studies have reported the presence of Salmonella spp in river turtles in different countries; however, studies in wild individuals are less common. The objective of this study was to identify the presence of Salmonella spp in wild (n=50) and in captivity (n=55) river turtles in Uraba Antioqueño (Colombia) between 201 5-2016. Trachemys venusta, Rhinoclemmys melanosterna, and Kinosternon leucosto-mum were included. Feces samples were taken by cloaca swab׳ cultures were performed, and DNA extraction and PCR were made from the colonies isolated. From total population(n=105) two male, adults in captivity were positive, the specie was R. melanosterna. The results obtained do not exclude infection due to the intermittence in the excretion of the bacteria in feces. This research provides evidence of the presence of the bacteria in turtles from the region and highlights the requirement to implement preventive activities to reduce contact with these species, and decrease the probability of transmission of nontyphoidal salmonellosis in human population around the region.

Resumo Salmonelose é uma doença de alta prevalência mundial. As tartarugas são reconhecidas como portadoras crônicas. Em diferentes países tem sido relatado a presença de Salmonella spp. em tartarugas de rios embora, poucos são os estudos em indivíduos selvagens. O objetivo deste estudo foi identificar na região do Urabá Antioqueño (Colombia) nos anos 2015 e 2016 a presença de Salmonella spp. em tartarugas selvagens (n = 50) e em cativeiro (n = 55). Foram incluídas tartarugas das espécies Trachemys venusta, Rhinoclemmys melanosterna e Kinosternon leucostomum. Foi coletada por esfregaço cloacal e para cultura uma amostra de fezes. A partir das colônias isoladas foi realizada extração de DNA para testes moleculares (PCR). Da população total (n = 105) foram positivos do grupo de cativeiro dois machos adultos da espécie R. melanosterna. Devido à intermitência na excreção das bactérias nas fezes os resultados obtidos não excluem a infecção. Esta pesquisa fornece evidências da presença da bactéria em tartarugas da região do Urabá e destaca a necessidade de implementar atividades preventivas para reduzir o contato com essas espécies selvagens e diminuir a probabilidade de transmissão zoonótica de salmonelose não tifoidal na população humana da região.

Conocimiento de la microbiota de la cavidad oral a través de la metagenómica / Knowledge of the microbiota of the oral cavity through the metagenomic

La microbiota oral es uno de los ecosistemas microbianos más antiguos en ser reconocido, y su descripción inicia en 1863 cuando Anton van Leeuwenhoek observa por primera vez en el microscopio a estos microorganismos en placas dentales. En la actualidad, las técnicas de secuenciación y el análisis del genoma a gran escala ha permitido construir bases de datos genómicas, realizar linajes microbianos específicos y conocer que no solamente hacen parte de la microbiota oral humana unos 600 o 700 taxones, sino que se estima que el número de filotipos podrían estar en alrededor de 19000. Todo este conocimiento es una herramienta valiosa para la identificación correcta de las bacterias que están involucradas en complejas biopelículas orales y nos facilitaría así comprender su potencial genético. Además, nos permitiría entender y dilucidar mejor la patología oral, y conocer si los cambios que predisponen a la enfermedad ocurren primero en el huésped o por el contrario a nivel microbiano. En conclusión, el estudio del metagenoma de la microbiota no solo de la cavidad oral es clave para la creación de herramientas diagnósticas y terapéuticas que repercutirán en la calidad de vida de los pacientes. Esta revisión pone en contexto lo que se ha publicado en los últimos años en este tema.

The oral microbiota is one of the oldest microbial ecosystems recognized. The oral microbiota description began in 1863 when Anton van Leeuwenhoek observed, using the microscope, microorganisms in dental plaque. Recently, DNA sequencing and genome analysis have allowed researchers to build large-scale genomic databases, characterize specific microbial lineages, and discover that the human oral microbiota is compose by approximately 600 to 700 taxa and 19000 phylotypes. All this knowledge is a valuable tool for the precise identification of the bacteria that are involved in complex oral biofilms. In addition, the characterization of oral microbiota will allow us to understand different oral pathologies, and to know whether changes that predispose to a disease, occur first in the host or conversely at the microbial level. In conclusion, the study of the metagenome of the oral cavity microbiota is key to develop new diagnostic and therapeutic tools that will improve the quality of the patients life. This review puts into context what has been published in recent years on this subject.

Application of a polymerase chain reaction test for the detection of Brucella canis from clinical samples of canines and humans / Aplicación de una prueba de reacción en cadena de la polimerasa para detección de Brucella canis a partir de muestras clínicas de caninos y humanos / Aplicação de um teste de reacção em cadeia da polimerase para detecção de Brucella canis a partir de amostras clínicas de canino e humano

Background: laboratory diagnosis of canine brucellosis includes serological and bacteriological tests; the blood culture is considered the gold standard, but it presents issues of sensitivity and delay in results. Therefore, the polymerase chain reaction (PCR) could be useful to detect low amounts of bacterial DNA from clinical samples and provide results within hours. Objective: to evaluate the sensitivity and specificity of PCR for the detection of Brucella canis in whole blood samples. Methods: blood samples from 499 dogs from kennels in two Colombian regions and 91 co-inhabiting humans were used. The 2-mercaptoethanol rapid slide agglutination test (2ME-RSAT) from serum and blood culture and PCR tests from whole blood were performed on all samples. Bayes theorem was used to establish the sensitivity and specificity of the PCR test compared with the other tests performed. Results: 9.9% of the evaluated co-inhabiting humans yielded positive serological results and 0% were positive by PCR or blood culture tests. 10.8% of dog samples were positive by blood culture, 19% were positive by PCR and 13% were positive by 2ME-RSAT. 7% of the samples were positive by all tests. Compared with blood culture, PCR had a sensitivity of 92.6% and a specificity of 90% for canine samples. Compared with 2ME-RSAT, it had a sensitivity of 77.4% and a specificity of 89.2%. When PCR and 2ME-RSAT results were compared with blood culture, a higher number of positive samples were retrieved than when results of only individual tests were applied. Conclusions: PCR is useful to detect B. canis in clinical samples; however, it is preferable to include the 2ME-RSAT test, as this improves the accuracy of the diagnosis. The PCR results are obtained within 24 to 48 hours and do not require the presence of whole bacterial cells to detect DNA.

Antecedentes: el diagnóstico de laboratorio de brucelosis canina incluye pruebas serológicas y bacteriológicas. El hemocultivo se considera el estándar de oro, pero tiene problemas de sensibilidad y tiempo de entrega de los resultados. Por eso, la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) podría ser útil para detectar pequeñas cantidades de ADN bacteriano de muestras clínicas y proporcionar resultados en horas. Objetivo: evaluar la sensibilidad y especificidad de una PCR para la detección de Brucella canis, en muestras de sangre total de 499 perros de perreras y 91 humanos cohabitantes de dos regiones de Colombia. Métodos: se realizaron pruebas de aglutinación rápida en placa con 2-mercaptoetanol (2ME-PARP) a partir de suero, PCR y hemocultivo a partir de sangre total. El teorema de Bayes se utilizó para establecer la sensibilidad y especificidad de la prueba de PCR respecto a las demás. Resultados: 9,9% de los humanos cohabitantes evaluados resultaron positivos para la prueba serológica, y el 0% fue positivo para PCR o hemocultivo. 10,8% de las muestras de perros fueron positivas para hemocultivo, 19% fueron positivas para PCR y 13% eran 2ME-PARP positivo. 7% de las muestras fueron positivas para todos los ensayos. En las muestras caninas, la PCR tuvo una sensibilidad del 92,6% y una especificidad del 90% en comparación con el hemocultivo. En comparación con 2ME-PARP, tuvo una sensibilidad del 77,4% y una especificidad del 89,2%. Cuando se compararon los resultados de la PCR y 2ME-PARP con el hemocultivo, un mayor número de muestras positivas fueron obtenidas que usando los resultados de cada una. Conclusiones: la PCR es útil para detectar B.canis en muestras clínicas, sin embargo, es recomendable incluir la prueba de 2ME-PARP, lo que mejora la exactitud del diagnóstico, se obtienen los resultados en 24 ó 48 horas y no requieren la presencia de células bacterianas completas para detectar ADN.

Antecedentes: o diagnóstico laboratorial da brucelose canina inclui testes sorológicos e bacteriológicos. O padrão ouro é a cultura de sangue, mas tem problemas com a sensibilidade e o tempo de entrega dos resultados. Por conseguinte, a reação em cadeia da polimerase (PCR), pode ser útil para detectar pequenas quantidades de ADN bacteriano diretamente a partir de amostras clínicas e fornecem resultados em 24 horas. Objetivo: para avaliar a sensibilidade e a especificidade da PCR para a detecção de Brucella canis em amostras de sangue total de 499 caninos provenientes de canis e 91 seres humanos em contato com estes cães em duas regiões da Colômbia. Métodos: foram realizados testes de aglutinação rápida em placa com 2-mercaptoetanol (2ME-PARP) a partir de soro, PCR y hemocultura a partir de sangue total. O teorema de Bayes utilizou-se para estabelecer a sensibilidade e especificidade da PCR em relação aos outros. Resultados: 9,9% (9) dos humanos avaliados resultaram positivos na prova sorológica, 100% foram negativos por PCR e hemocultura. 10.8% (54) das amostras de cães foram positivas na hemocultura, 19% (95) foram positivas na PCR e 13% (65) foram positivas no teste 2ME-PARP. 7% (35) das amostras foram positivas para todos os testes. Nas amostras caninas, a PCR teve sensibilidade do 92.6% e uma especificidade de 90% em comparação com a hemocultura. Em comparação com 2ME-PARP, teve uma sensibilidade de 77.4% e uma especificidade de 82.2%. Quando foram comparados os resultados da PCR e 2-ME-PARP com a hemocultura, um maior número de amostras positivas foram obtidas que quando foram usados os resultados de cada uma. Conclusões: a PCR é útil para detectar B. canis em amostras clínicas, porém, é recomendável incluir o teste de 2ME-PARP, para melhorar a acurácia do diagnóstico. Os resultados obtém-se em 24-48 horas e não requerem a presença de células bacterianas completas para detectar ADN.

Infección por Brucella canis en humanos: propuesta de un modelo teórico de infección a través de la ruta oral / Brucella canis infection in humans: Proposal of a theoretical model of infection through the oral route

La infección por Brucella canis en los humanos se ha reconocido recientemente como una zoonosis, pero frecuentemente es sub reportada debido a que los síntomas pueden confundirse con los de un resfriado común u otras infecciones causadas por otros patógenos. Los caninos son los hospederos primarios de Brucella canis ; el incremento en la tendencia de tener perros como mascotas podría también aumentar la posibilidad de transmisión de la infección a los humanos por el estrecho contacto entre la mascota infectada y su propietario. En Colombia, hay reportes de aislamientos de B. canis de caninos de criaderos y de un humano en contacto con perros infectados, al igual que reportes de caninos seropositivos a la infección. Sin embargo, no hay mucha información disponible sobre los mecanismos de interacción hospedero-patógeno que conduzcan al establecimiento de la infección por Brucella canis en perros y en humanos esta información es todavía menor. En esta revisión se propone un modelo para la infección humana con Brucella canis a través de la ruta oral utilizando la información disponible para otras especies de Brucella que infectan al humano, incluyendo B. abortu s y B. melitensis , que difieren de B. canis en la composición estructural de su lipopolisacárido. También se hipotetiza el mecanismo de infección celular que es usado por B. canis para invadir y establecer la infección en células no fagocíticas y fagocíticas.

Brucella canis infection in humans has recently been recognized as a zoonosis, but it is frequently under reported because the flu-like symptoms are often confused with the presence of other disease-causing pathogens. Dogs are the primary hosts for Brucella canis ; the increasing trend to adopt dogs as pets also enhances the likelihood of transmission of Brucella canis infection through contact between infected dogs and owners. In Colombia, there are reports of isolates of B. canis from kennel dogs and also from one human being along with seropositive results from dogs and humans. However, the mechanism of hostpathogen interactions leading to the infection of Brucella canis in dogs is still unknown and even less is known about human infections. This review proposes a model for human infection with Brucella canis through the oral route. We use the information available for other human-infecting Brucella species, including B. abortu s and B. melitensis, which differ from B. canis in the structural composition of the lipopolysaccharide molecule. The mechanism of cellular infection used by B. canis to invade and establish infection in nonphagocytic and phagocytic cells is also hypothesized.

Factores asociados con la seropositividad a Brucella canis en criaderos caninos de dos regiones de Antioquia, Colombia / Factors associated with Brucella canis seropositivity in kennels of two regions of Antioquia, Colombia / Fatores associados à soropositividade por Brucella canis em cães reprodutores em duas regiões no Estado de Antioquia, Colômbia

El objetivo fue determinar la seroprevalencia a Brucella canis en perros y humanos convivientes en criaderos caninos y explorar los factores de riesgo asociados a la seropositividad. Se tomaron 20 criaderos, en los cuales se realizó diagnóstico serológico por PARP-2ME de 428 caninos y 91 humanos. Se aplicó una encuesta para determinar los factores de riesgo y se analizaron los datos mediante regresión logística. Se determinó una seroprevalencia de 15% en caninos y 9% en humanos convivientes. Se determinaron como factores asociados a la seropositividad canina el historial de seropositividad canina, conservar los caninos seropositivos, historial de aborto, higiene y protección del operario deficientes durante el servicio reproductivo, y procedimiento inseguro durante la atención de abortos. Como factores protectores se establecieron la ubicación rural de los criaderos, facilidad de aseo de los caniles, PARP-2ME premonta, y procedimiento seguro durante la atención de partos. En humanos se determinaron factores asociados: criaderos ubicados en el Valle Aburrá y de tipo urbano.

The objectives of this study were to determine Brucella canis seroprevalence in dogs and in humans living near kennels and to explore risk factors associated with seropositivity. Twenty kennels were included in a serological survey with RSAT-2ME, and samples were collected from 428 dogs and 91 humans. An interview was applied to determine risk factors, and the data were analyzed using logistic regression. Seroprevalence was 15% in dogs and 9% in humans. Factors associated with current canine seropositivity were: history of canine seropositivity, non-culling of seropositive dogs, history of abortion, poor hygiene and personal protection during reproductive service, and unsafe procedures during care for abortions. Protective factors included: rural location of kennels, ease of cleaning kennels, pre-mating RSAT-2ME, and safe procedures during care for delivery. Factors associated with seropositive status in humans were: kennels located in Valle de Aburrá and urban location.

O objetivo desta pesquisa foi determinar a soroprevalência de brucelose dada por Brucella canis na população canina e os seres humanos que moram junto com os cães reprodutores, e explorar os fatores de risco associados à soropositividade.Vinte cães foram amostrados, nestes se fez o diagnóstico sorológico por PARP-2ME para 428 caninos e 91 pessoas. Para o estudo de fatores de risco associados à doença foi realizada uma análise por regressão logística. Encontrou-se uma soroprevalência de 15% e 9% nos caninos e humanos, respectivamente. Foram identificados como fatores de risco associados à soropositividade canina nos canis avaliados a história clínica com antigos diagnósticos de abortos e de soropositividade, conservar caninos que sejam soropositivos, a má higiene no canil e uma indumentária laboral insuficiente para o trabalhador que mexe com os cães, tanto durante o serviço reprodutivo quanto na atenção de abortos que possam ser inseguros. Encontraram-se como fatores de proteção nesta pesquisa as regiões rurais onde estava a incubadora, a facilidade de limpeza que possibilita uma melhor higiene dos canis, PARP-2ME pré-nupcial e procedimento seguro durante o parto. Em humanos foram determinados como fatores associados: criadores localizados no Valle Aburrá e do tipo urbano.

Diseño y evaluación de una prueba de PCR para detección de Brucella spp. y Brucella abortus / Design and evaluation of a PCR test for detection of Brucella spp. and Brucella abortus / Desenho e avaliação de um teste de PCR para a detecção de Brucella spp. e Brucella abortus

Resumen Problema: el diagnóstico oportuno de la brucelosis, zoonosis que afecta ganado y trabajadores pecuarios, es difícil. Las pruebas serológicas Rosa de Bengala y ELISA, el hemocultivo y mielocultivo, tienen sensibilidades entre 15-70% dependiendo del estadío de la infección. El desarrollo de métodos diagnósticos rápidos, sensibles y específicos utilizando técnicas moleculares como la PCR, permite diagnosticar y tratar oportunamente esta enfermedad. Objetivo: Desarrollar y evaluar dos pruebas de PCR para detección de Brucella spp. y B. abortus. Materiales y métodos: se diseñaron y evaluaron iniciadores para detectar el gen ugpA utilizando Primer3, y otros reportados en la literatura. Se calculó sensibilidad y especificidad, usando 3 grupos (G) de muestras humanas y bovinas utilizando el teorema de Bayes: G1:30 muestras de suero y 30 de sangre de humanos sanos y 30 de suero y 30 de sangre de bovinos sanos, inoculadas con Brucella abortus; G2: 30 muestras de suero y 30 de sangre de humanos sanos y 30 de suero y de 30 sangre de bovinos sanos inoculadas con Salmonella Typhi, Escherichia coli, Klebsiella sp., Psudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae y Enterococcus sp. G3: 60 muestras de suero y 60 sangre de bovinos y 60 muestras de suero y 60 sangre de humanos asintomáticos. Resultados: se obtuvo una sensibilidad y especificidad de detección de Brucella sp. y Brucella abortus del 100% en muestras humanas y bovinas. Conclusiones: por la alta sensibilidad y especificidad encontradas en las pruebas de PCR estudiadas, se recomienda continuar un estudio clínico de aplicación para evaluar su comportamiento en muestras de pacientes y animales infectados.

Abstract Problem: brucelosis is a zoonosis that affects livestock and livestock workers. This disease is characterized by the difficulties for its early diagnosis. Sensitivity of marrow and blood cultures as well as serological tests (Rose Bengal and ELISA) ranges between 15 and 70%, depending on the stage of infection. Development of rapid, sensitive, and specific diagnostic methods using molecular techniques such as PCR would allow timely diagnose and treatment of the disease. Objective: To develop and evaluate two PCR tests for detection of Brucella spp. and B. abortus. Materials and methods: primers to detect ugpA gene were designed and evaluated using Primer3 and others reported in the literature. Sensitivity and specificity were calculated for 3 groups (G) of human and bovine samples using Bayes' theorem. G1 consisted of healthy human and healthy bovine samples (30 serum and 30 blood samples of each species); bovine blood samples were inoculated with Brucella abortus. G2 consisted of healthy human and healthy bovine samples (30 serum and 30 blood samples of each); bovine blood samples were inoculated with Salmonella typhi, Escherichia coli, Klebsiella sp., Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumonia, and Enterococcus sp. G3 consisted of 60 serum and 60 blood samples from asymptomatic bovines, as well as 60 serum and 60 blood samples from asymptomatic humans. Results: sensitivity and specificity of the PCR test to detect Brucella sp. and Brucella abortus reached 100% in human and bovine samples. Conclusiones: considering the high sensitivity and specificity observed in the PCR tests studied, we recommend doing a follow up of the test in a clinical trial to evaluate its performance in infected humans and animals.

Resumo Problema: é difícil o diagnostico oportuno da brucelose, zoonose que afeta o gado e os trabalhadores pecuários. Os testes serológicos Rosa de Bengala e ELISA, e a hemocultura e mielocultura têm sensibilidades entre 15 e 70% dependendo do estádio da infecção. O desenvolvimento de métodos diagnósticos rápidos, sensíveis e específicos utilizando técnicas moleculares como a PCR, permite diagnosticar e tratar oportunamente esta doença. Objetivo: desenvolver e avaliar dois testes de PCR para a detecção de Brucella spp. e B. abortus. Materiais e métodos. Desenharam-se e avaliaram-se iniciadores utilizando o software Primer3 para detectar o gene ugpA, também se avaliaram outros iniciadores reportados previamente na literatura. Calculou-se a sensibilidade e especificidade do teste por PCR usando três grupos (G) de amostras humanas e bovinas utilizando o teorema de Bayes: G1: 30 amostras de soro e 30 de sangue de humanos sãos e 30 de soro e 30 de sangue de bovinos sãos, inoculadas com Brucella abortus; G2: 30 amostras de soro e 30 de sangue de humanos sãos e 30 de soro e de 30 sangue de bovinos sãos inoculadas com Salmonella Typhi, Escherichia coli, Klebsiella sp., Psudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae e Enterococcus sp. G3: 60 amostras de soro e 60 de sangue de bovinos e 60 amostras de soro e 60 sangue de humanos assintomáticos. Resultados. Obteve-se uma sensibilidade e especificidade de detecção da Brucella spp. e Brucella abortus de 100% em amostras humanas e bovinas. Conclusões: pela alta sensibilidade e especificidade encontrada com o teste de PCR estudado, recomenda-se continuar um estudo clínico de aplicação para avaliar seu comportamento em amostras de pacientes e animais infetados.

Caracterización de dos brotes de fiebre tifoidea en Apartadó, Antioquia, 2005 / Characterization of two typhoid fever outbreaks in Apartadó, Antioquia, 2005

Introducción. La caracterización de los brotes de fiebre tifoidea es importante epidemiológicamente, debido a que esto permite la búsqueda de la fuente y el desarrollo de medidas de control. Objetivo. Describir un brote de fiebre tifoidea en el municipio de Apartadó y caracterizar fenotípica y genotípicamente los aislamientos de Salmonella Typhi relacionados con él. Materiales y métodos. Se estudiaron 44 pacientes, a 15 de ellos se les tomaron muestras para hemocultivos y a 7, muestras para coprocultivos. Los aislamientos bacterianos se estudiaron con pruebas bioquímicas y serotipificación y se determinó el perfil de susceptibilidad a antibióticos. Los aislamientos se evaluaron fenotípicamente por reacción en cadena de la polimerasa para los genes hilA, invA e IS- 200, y por electroforesis en campo pulsado con XbaI. Se estudiaron ocho muestras de agua asociadas al brote por reacción en cadena de la polimerasa y cultivo para la búsqueda de Salmonella. Resultados. A 15/44 pacientes se les confirmó el diagnóstico clínico de fiebre tifoidea, a 13 por hemocultivos y a 2 por coprocultivos positivos para S. Typhi. Todos los aislamientos de S. Typhi fueron sensibles a los antibióticos probados. La reacción en cadena de la polimerasa confirmó la presencia de los genes hilA y invA e IS-200 en todos los aislamientos estudiados. La electroforesis en campo pulsado agrupó 10 aislamientos en el patrón COINJPP.X01.0035, tres en el patrón COINJPPX01.0002, uno COINJPP.X01.0012 y uno COINJPPX01.0037. El estudio de aguas fue negativo para Salmonella spp. Conclusiones. La electroforesis en campo pulsado estableció la presencia de dos brotes, que inicialmente, por epidemiología y pruebas fenotípicas del patógeno, habían sido descritos como uno solo. Además, permitió diferenciar dos aislamientos de origen clonal diferente, que indicaron casos aislados. No se pudo corroborar la fuente de infección en el agua.

Introduction. The characterization of typhoid fever outbreaks is important because it is necessary to find the source of the infection and development control measures. Objective. A typhoid fever outbreak is described from Apartadó and the Salmonella Typhi isolates characterized by phenotypic and genotypic methods. Materials and methods. From 44 patients, 15 blood cultures and 7 stools cultures were recovered. Phenotypic identification of isolates was done by biochemical and serological tests, and antibiotic susceptibility was tested. Genes hilA, invA and the IS200 marker were evaluated by polymerase chain reaction; pulsed field gel electrophoresis was used for the XbaI gene. Eight water samples were examined by polymerase chain reaction and culture methods in order to isolate Salmonella spp. Results. Fifteen patients were confirmed for typhoid fever, 13 by blood cultures and two by stools cultures. All S. Typhi isolates were susceptible to the antimicrobials tested. The presence of hilA, invA and IS200 were confirmed by polymerase chain reaction in all isolates. The pulsed field gel electrophoresis method grouped 10 isolates in COINJPP.X01.0035 pattern, three in COINJPPX01.0002, one in COINJPP.X01.0012 and one in COINJPPX01.0037. Water isolates were negatives for Salmonella spp. Conclusions. Pulsed field gel electrophoresis discriminated the isolates in two outbreaks. Initially the cases were described as only one outbreak, by epidemiological criteria and phenotypic test. Additionally two isolates with different clonal origin were discriminated, indicating that they were unrelated to the other cases. It was not possible to confirm the infection source from water samples.